En 2013, le Conservatoire préserve et gère plus de 100 espaces naturels (tourbières, étangs, marais, prairies humides, pelouses sèches, forêts alluviales...) répartis sur plus de 3 400 hectares.
Il est en outre co-gestionnaire de la
Réserve naturelle du Val de Loire, avec le Conservatoire d'espaces naturels de Bourgogne. Il est également animateur
Natura 2000 sur 14 sites couvrant plus de 30 000 hectares, notamment sur l'ensemble de la Loire en région.